但尽管晋察冀军区应对的速度很快，但日军派进根据地的特务和汉奸，还是给晋察冀军区备战工作带来了一定的麻烦。晋察冀军区设置在怀来以西，黄肠山中的一座秘密仓库，被汉奸发现之后引导日军飞机炸毁。
在此次轰炸之中该秘密仓库全部被炸毁，共计损失粮食两万余公斤，军装和其他物资一部分。这些汉奸和特务数量虽说不多，但是要比日军小股侦察部队，以及便衣武装要难对付的多。为了在战役发起之前，肃清这些日伪特务的活动，晋察冀军区费了很大的心思。
经过抗联调集的特种侦察部队，以及晋察冀军区专门组织的大量便衣队反复的清剿，以及采取了部分针对性的报复，消灭了二十多支日军便衣武装，以及小股的侦察部队，才降低了日军便衣武装的活动效率。
但日军渗透进根据地的特务和汉奸，却是直到战役打响之前，也未能彻底的肃清。只是形势的发展，已经无法等到这些汉奸和特务的肃清。按照作战计划，抗联的部队在四三年十月初，便开始秘密进入华北地区。
为了掩护抗联的部队进关行动，自九月末、十月初开始，晋察冀军区在八路军副总指挥的指挥之下，对晋察冀根据地外围，主要是平西和平北区一些日军据点，实施了大规模的拔点作战。
并采取发动群众的大规模围困战以及围点打援的战术，将日军在密云和昌平山区的据点挤走，并攻占了涞源县城。打通了出山通道，保证了抗联的装甲集群取得进攻出发阵地。同时着手发动群众，加固平北和平西区的桥梁，拓宽山区公路。
而在晋察冀军区不断采取拔点战术，清除根据地内日伪军据点的同时。抗联采取了车运与徒步行军相结合的办法，各个预定进关作战的部队，开始大规模进入热河以及察南区。为了掩盖战略意图，在东北战场上的抗联部队也采取了大规模的佯动。
通过种种的努力，虽说未能完全瞒过日本人的情报系统，但也在一定程度上搞乱了日军对战局的分析和判断。无论是关东军还是华北方面军，到四三年十月下旬都在向日军大本营高喊狼来了。
对于关东军和华北方面军的叫喊，日军大本营紧急派出了教育总监飞抵北平，召开关东军与华北方面军联席作战会议，最终确定中国人究竟将攻击的重点放在那里。但此次作战会议，因为华北方面军与关东军之间的分歧太大，而并未答成任何的共识。
华北方面军认为在去年东北共产军未能完成作战任务的情况之下，今年势必会放弃对南满的进攻，而大举入关以解华北共产军的困境。所以大本营目前最重要的是增援华北方面军，以保证华北的稳定。
但关东军坚持认为从目前的整体态势来看，东北的共产军势必会大举南下，试图完全的夺取南满。以切断本土与支那内地之间的直接联系的同时，削弱帝国的军工生产能力。一旦南满丢失，那么对帝国的整体战略将会造成致命的损伤。
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