工藤新一加入了fbi，不过经历几次受挫，黑色组织也不敢冒进，开始隐秘的进行调查工藤新一的事情。
但是黑色组织别的不多，就是卧底多，安室透、基尔就是明晃晃的卧底，而贝尔摩德的态度也不明，有些时候会帮助工藤新一隐瞒，或者伪装情报。
而这也导致了黑色组织调查也迟迟未有结果。
灰原哀和宫野明美重新回到了阿笠博士家隔壁去生活，毕竟现在已经不会有事了。
...
柯南、毛利小五郎和服部平次三人参加了以毛利小五郎和服部平次为原型创作的舞台剧商讨会，柯南和他们两个人一同来到了位于京都的导演家里。
在导演家里，除了导演本人株本恭助之外，还有制作人轻尾明儿，编剧稻场玲佑，舞台监督木俣重记，以及舞台剧赞助商，大冈家的千金大冈红叶，还有友情协助的黑田兵卫。
在会议期间，株本恭助因为想要小睡片刻而回到二楼房间，结果找去的时候，已经身亡了。
警察本部搜查一课警部绫小路警官已经到来。
而远山和叶和毛利兰正在外面大吃特吃着。
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